Los talibanes, conjunto integrado por estudiantes de teología provenientes del sur del país (de la región de Kandahār) y de etnia pashtún, florecieron con fuerza en agosto de 1994, empleando la desordenada situación política generada por el combate entre las facciones en liza. Durante los meses siguientes, aventajaron en dirección a Kabul: entre noviembre de 1994 y enero de 1995 tomaron las ciudades de Kandahār y de Ghazni, y en febrero consiguieron los alrededores de Kabul. Rechazados por las fuerzas gubernamentales, los talibanes optaron por aventajar hacia el oeste y el este, con el propósito de cercar la capital.
A lo largo de 1995 su empuje continuó con fuerza (toma de Herāt), para estabilizarse a comienzos del año próximo. Fue a finales de septiembre de 1996 en el momento en que procedieron a la conquista de Kabul y al avance hacia el norte, donde se realizaron fuertes las tropas de Dostum y de Massud. Los talibanes procedieron a establecer, allí donde se extendieron, su visión restrictiva del islam: revolucionario división de sexos en público, prohibición a las mujeres de ocupar un puesto de trabajo, persecución de actividades identificadas ‘impías’ (salas de juego, consumo de bebidas) y modificación de la legislación penal para adaptar leyes más severas, entre otras.
En mayo de 1997 los talibanes estructuraron una ofensiva contra las fuerzas situadas en el septentrional valle del Panshir, si bien no consiguieron apresarlo en su totalidad. A la catástrofe humanitaria ocasionada por el conflicto bélico se agregó, en febrero de 1998, la de los terremotos que sacudieron el norte del país, y que provocaron más de 5.000 muertos. En agosto de ese año tuvo lugar un ataque aéreo americano contra instalaciones afganas como respuesta a los atentados producidos a comienzos de ese mes contra las embajadas norteamericanas de Nairobi (Kenia) y Dar es-Salaam (Tanzania), en los que fallecieron cerca de 300 personas, y en los cuales parecía estar involucrado el millonario saudí Osama bin Laden, autor y jefe de la red terrorista Al-Qaeda que se refugiaba en Afganistán. El Consejo de Seguridad de Naciones Unidas difundió el 15 de noviembre de 1999, seis meses después de que Estados Unidos hiciera lo propio, la imposición de penalizaciones contra el régimen talibán a raíz de que éste negara proporcionar a Bin Laden para su procesamiento judicial. La determinación acarreaba la congelación de los bienes de los talibanes en el extranjero y la prohibición de los vuelos internacionales de sus compañías aéreas.
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