El medio ambiente de Malí padece las secuelas de un veloz crecimiento de la población y de una continuada sequía que dura ya décadas. Malí tiene una de las tasas anuales de natalidad más altas del mundo, 49,40 nacimientos por cada 1.000 habitantes (2008), así como una muy elevada tasa de crecimiento de la población anual, 2,73%. Pese a la sequía, el 78% de la población depende de la agricultura para su sustento. Los combustibles convencionales, especialmente leña y carbón, suministran el 88,90% del total de la energía consumida en el país. A consecuencia de ello, Malí, donde apenas el 10,1% del territorio está cubierto de bosques, presenta una tasa de deforestación anual del 0,71% (1990–2005). Sequía, deforestación y un cada vez mayor cultivo de las tierras marginales han generado una degradación del suelo y una trágica desertización. El Sahara se despliega al sur a un ritmo alarmante. La sequía y la pérdida de su hábitat, unidas a la caza furtiva de especies en peligro de extinción, promueven el desvanecimiento de ciertas especies animales.
El país padece igualmente la contaminación del agua debido a insuficientes servicios sanitarios. Sólo el 46% de la población de Malí se bonifica de unas instalaciones sanitarias apropiadas. Por esta razón, el agua de ríos y pozos está frecuentemente contaminada con bacterias, y apenas el 50% de los habitantes tiene acceso a agua potable segura.
El gobierno de Malí ha manifestado zona protegida al 2,1% (2007) de la superficie nacional, y ha ratificado conformidades medioambientales internacionales concernientes a la biodiversidad, el cambio climático, la desertización, las especies en peligro de extinción, el derecho marítimo, la protección de la capa de ozono y los humedales.
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