El 11 de julio de 1954 el electorado reconoció como presidente al general Alfredo Stroessner, comandante en jefe del Ejército y máximo jefe del Partido Colorado. A lo largo de 1956 y 1957 fueron sofocados varios intentos de conjuntos de izquierda para tomar el poder. Un plebiscito conmemorado en 1958 confirmó a Stroessner como presidente por otro periodo de cinco años.
En las elecciones legislativas de 1960, los incondicionales del presidente del Partido Colorado vencieron la totalidad de los escaños del Congreso. En el mes de diciembre, Paraguay rompió las relaciones diplomáticas con Cuba y fue uno de los países que estuvo a favor de una acción colectiva contra el régimen cubano a través de la Organización de Estados Americanos (OEA), sin embargo tales medidas no fueron aprobadas por la mayoría requerida, las dos terceras partes de los países integrantes. En las elecciones de 1963, Stroessner fue reelegido presidente, compitiendo contra el primer candidato presentado por la disconformidad tras 30 años. Stroessner gozó de cierta popularidad a mediados de la década de 1960, gracias a los triunfos financieros que auguraban el progreso del país, aunque muchos paraguayos tuvieron que exiliarse debido a su tiranía. En 1968 continuó en el poder tras haber promulgado un año antes una nueva Constitución para extender su mandato; en 1973, 1978 y 1983 fue de nuevo reelegido.
A finales de la década de 1960 el régimen de Stroessner viró significativamente al negar las relaciones financieras con los países vecinos. En mayo de 1968 los ministros de Relaciones Exteriores de Argentina, Bolivia, Brasil, Paraguay y Uruguay sellaron el Pacto del Río de la Plata. El propósito de este pacto, que hacía una llamada al desarrollo conjunto de la cuenca del Río de la Plata, era estimular la economía de toda la región, aspecto que interesaba especialmente a Paraguay, ya que era el país menos elaborado de la zona.
A consecuencia del gobierno autoritario de Stroessner, durante la década de 1970 y principios de la de 1980 Paraguay consiguió una cierta estabilidad financiera y social. La presa de Itaipú, el proyecto hidroeléctrico más grande del mundo, fue inaugurada el 15 de diciembre de 1983. A lo largo de esos años se controló la inflación, sin embargo la reducción de los mercados para las exportaciones paraguayas desencadenó la elevación del desempleo y el empeoramiento del comercio interno. A mediados de la década de 1980 Paraguay consiguió una cierta liberalización política y en 1987 se levantó el estado de lugar en Asunción.
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