Cuando creó la Compañía, Ignacio de Loyola procuraba estructurar peregrinaciones a Tierra Santa para transformar a los musulmanes. Pero, con el estallido del conflicto bélico contra los turcos otomanos, todos los planes para la peregrinación a Tierra Santa se desvanecieron. En cambio, los jesuitas solicitaron al Papa una constitución que les permitiera realizar misiones a enclaves que él mismo decidiera. Una vez aprobada la constitución, eligieron a Ignacio de Loyola como primer superior general.
La Compañía se aceleró vertiginosamente y sus integrantes tuvieron una actividad decisiva durante la Contrarreforma, en especial en el intervalo del Concilio de Trento, así como fundando escuelas y centros de estudios superiores en toda Europa. A lo largo de 150 años dirigieron los más importantes centros educativos europeos y, hacia 1640, contaban con más de 500 centros de estudios superiores repartidos por la totalidad del continente. Aproximadamente un siglo después, esta cifra alcanzaba ya los 650; además, la orden tenía a su puesto, en forma total o parcial, la dirección de 24 universidades. Igualmente establecieron más de 200 seminarios y casas de estudios para sus integrantes. A lo largo del periodo de la Contrarreforma, la educación jesuítica se enfocó especialmente a fortalecer la fe católica frente a la expansión del protestantismo. Si bien la educación jesuítica para laicos se encontraba dirigida especialmente a la nobleza europea y a estudiantes pudientes, igualmente tenían a su puesto escuelas profesionales y, en los territorios donde trabajaban en misiones, escuelas para los indigentes.
Por lo que respecta a su aspecto misionero, la actividad de los jesuitas en este sentido tuvo igualmente mucho triunfo. Especialmente importante fue la emprendida por san Francisco Javier en India y Japón. La Compañía de Jesús se difundió después por el interior de China y por las costas de África. Las cartas que escribieron los misioneros jesuitas que trabajaban en Canadá, en las que enviaban información de tipo etnológico, histórico y científico, fueron divulgadas con el nombre de Relaciones Jesuíticas, configurando una única y muy estimable fuente de información concerniente a los nativos de ese país. Pero, el trabajo de las misiones jesuíticas más conocido del Nuevo Mundo fue la fundación de las reducciones, siendo las más famosas las de Paraguay. Eran comunidades de indígenas, regidas por los jesuitas. Allí, y durante casi 200 años, los jesuitas dirigieron un grande conjunto de indígenas, alcanzando instituir 32 poblados, con una población de en torno a 160.000 personas. Enseñaban métodos agrícolas siguiendo las tradiciones autóctonas, artes mecánicas y favorecían el avance del comercio.
La historia de la Compañía de Jesús estuvo indicada por una perseverante disconformidad a su labor, en especial en los países católicos. La religiosidad que los jesuitas tenían por el Papado les costó una fuerte disconformidad por parte de los mandatarios de diversos estados. Igualmente, y debido al gran entusiasmo que ponían los jesuitas en todo lo que significaran reformas eclesiásticas, obtuvieron el choque frontal del clero. La Compañía fue expulsada de desemejantes países europeos (en España, por Carlos III, en 1767) hasta que, el 21 de julio de 1773, el papa Clemente XIV publicó la bula Dominus ac Redemptor en la que dictaminaba la supresión de la Compañía. El monarca de Prusia, Federico II el Grande, y la emperatriz de Rusia, Catalina II la Grande, grandes admiradores de la labor pedagógica y del conocimiento de los jesuitas, se refutaron a admitir el documento y hacer efectiva la publicación del mismo. En estos países la orden se sostuvo hasta 1814, año en el que el papa Pío VII restauró canónicamente la Compañía. Ante este suceso, igualmente volvieron a reembolsar fuerza los conjuntos religiosos y políticos que se encontraban en su contra.
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