La cooperación de la nobleza anglonormanda de la región costera de Pale en el conflicto bélico de las Dos Rosas deterioró excesivamente el poder inglés en Irlanda. En 1494, Enrique VII nombró virrey de Irlanda al militar y diplomático inglés sir Edward Poynings que representó los intereses simplemente ingleses, diferentes de los anglonormandos.
La disolución de los monasterios inició en 1537, en el momento en que Enrique VIII trató de introducir la Reforma en Irlanda. En el Parlamento conmemorado en 1541, al que acudieron por primera ocasión jefes nativos irlandeses y los lores del Pale, se modificó el título de lord de Irlanda, concedido por el papa a Enrique VIII, por el de monarca de Irlanda.
Los cambios religiosos llevados a cabo por el monarca Eduardo VI y la reina María I tuvieron exiguo eco en Irlanda. A pesar de que María era católica, fue la primera en comenzar la colonización de Irlanda con familias traídas de Inglaterra. A las guerras de religión desencadenadas durante el reinado de Isabel I le siguieron rebeliones de los católicos irlandeses. James Fitzgerald, decimosexto conde de Desmond, fue derrotado tras una larga combate. El militar irlandés Hugh O’Neill, tercer barón de Dungannon y segundo conde de Tyrone, aniquiló en Blackwater a las tropas inglesas dirigidas por Robert Devereux, segundo conde de Essex, a quien Isabel había mandado contra O’Neill. Pero, O’Neill fue sometido en torno a 1603 por los ingleses.
Bajo el reinado de Isabel I y Jacobo I, el poder de la Iglesia anglicana se difundió hasta Irlanda. Los mandatarios ingleses emplearon el anglicanismo como instrumento de control político en Irlanda.
Los últimos restos de la independencia del Parlamento irlandés desaparecieron con la producción en Irlanda del Norte de cuarenta nuevos municipios formados por pequeñas aldeas. Esta estratagema política aseguró a la Corona inglesa una mayoría estable.
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