Desde que consiguiera la independencia, Eritrea se ha enfrentado en varias ocasiones con Sudán, su vecino noroccidental, a quien ha imputado de dar amparo a los conjuntos islámicos revolucionarios de Eritrea, en tanto que Sudán ha generado lo propio con el nuevo país, al que señaló como el lugar donde se refugiaban los conjuntos rebeldes sudaneses del sur. A finales de 1994, Eritrea denunció que Sudán se encontraba entrenando a elementos extremistas para deponer a su gobierno, mientras que Sudán desarrolló la primera de una serie de acusaciones relativas a que los rebeldes, con el consultoría del Ejército del país vecino, se encontraban invadiendo Sudán desde Eritrea. Ambos países rompieron sus relaciones diplomáticas en diciembre de 1994.
En diciembre de 1995 Eritrea invadió la isla de Ḩânîsh al-Kabîr, que se encontraba bajo el control de Yemen, y reclamó su soberanía sobre la totalidad de las islas Ḩânîsh, archipiélago estratégicamente ubicado en la entrada meridional al mar Rojo. Al menos 12 personas murieron en la breve escaramuza ocurrida entre los militares eritreos y yemeníes. A mediados de 1996, ambos estados negociaron someter el litigio relativo a la soberanía de las islas al arbitraje del Tribunal Internacional de Justicia de Naciones Unidas, que definitivamente falló a favor de Yemen.
En junio de 1998, el Ejército etíope atacó posiciones militares de la vecina Eritrea, alegando para ello que desde el mes de mayo, tropas eritreas controlaban Badmé, en la norteña región etíope de Tigré (Tigray). Fue el primer aviso de lo que ocurriría poco después. En efecto, durante el mes de febrero de 1999 se realizaron violentos combates entre tropas de Etiopía y Eritrea en el sector septentrional del límite que ambos comparten. El combate tenía por objeto hacerse con el control de varios centenares de kilómetros cuadrados a lo largo ese límite común. Tras duros enfrentamientos en la zona, en marzo Addis Abeba proclamó su conquista militar sobre Eritrea. A pesar de que ninguno de los dos países manifestó el alto el fuego, Eritrea aceptó una propuesta de pacificación desarrollada por la Organización para la Unidad Africana (OUA), tras que sus tropas fueran expulsadas de la región de Badmé. El plan de pacificación de la OUA solicitaba básicamente que ambos países volvieran a los límites previos al conflicto.
Fuerzas militares etíopes penetraron de nuevo, a mediados de mayo de 2000, en territorio eritreo, arribando a ocupar copiosas localidades fronterizas, y los combates provocaron miles de muertos. A finales de ese mes, el gobierno etíope dio por concluida la ofensiva militar. El 18 de junio, Etiopía y Eritrea sellaron la paz en Argel, con la mediación de la OUA, y consintieron el resultante despliegue de fuerzas de la ONU en el límite entre ambos estados.
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