El Valencia, que se preservó con el técnico Héctor Cúper en el banquillo y a Gaizka Mendieta como gran estrella de su once titular, repitió final en la campaña próximo (2000-2001), sin embargo fue derrotado por segundo año seguido, esta vez en el circuito milanés de San Siro por el Bayern de Munich. La entidad germánica recibió la primera Copa de Europa del siglo XXI en la tanda de penaltis (tras acabar con el resultado de 1-1 los 90 minutos reglamentarios y los 30 de prórroga adicional). La nueva centuria, que se había inaugurado con el cuarto título del Bayern de Munich, continuaría con el noveno del Real Madrid, con el sexto del AC Milan, con el segundo del Oporto, con el quinto del Liverpool y con el segundo del Barcelona.
El Real Madrid lo consiguió en 2002, derrotando en el circuito de Hampden Park (Glasgow) al Bayer Leverkusen por 2-1. Tal resultado fue posible gracias a los goles de Raúl y Zinedine Zidane (el de este último, de una belleza extrema), y a las admiradas intervenciones del joven portero merengue, Íker Casillas, en los minutos finales.
Por su parte, el club lombardo se llevó el trofeo en una publicación, la 2002-2003, indicada por el dominio italiano, ya que otros dos conjuntos de este país consiguieron las semifinales: Juventus (que eliminó al Real Madrid) e Inter. En la final, librada en el circuito de Old Trafford, el AC Milan se impuso al conjunto turinés en los lanzamientos desde el punto de penalti, tras 120 minutos sin goles. Paolo Maldini jugó su sexta final y recibió su cuarto título; Clarence Seedorf se transformó en el primer futbolista que conseguía la Copa con tres clubes diferentes (antes la había ganado con el Ajax y con el Real Madrid); y el técnico rossonero, Carlo Ancelotti, se unió a la restringida lista de nombres de ganadores del título como jugadores y como entrenadores.
El Oporto, cuyo primer triunfo se remontaba a 1987 (con Paulo Futre y el argelino Rabah Madjer como figuras) se transformó en 2004 en bicampeón al subyugar con claridad (3-0) al Mónaco. La quincuagésima Copa de Europa, librada en la campaña 2004-2005, fue para otro antiguo protagonista, el Liverpool, que pudo alzarla tras una épica final en la que el AC Milan, gran favorito, se había ido al descanso con un resultado favorable de 3-0 (con un tanto de su incombustible capitán, Paolo Maldini, y dos del delantero argentino Hernán Jorge Crespo); todo parecía propicio para que el circuito olímpico Atatürk de Estambul sirviera de escenario para que la escuadra milanesa se adjudicara su séptimo trofeo, sin embargo, en los primeros quince minutos de la segunda parte, los goles de Steven Gerrard, del checo Vladímir Smicer y del español Xabi Alonso llevaron al empate. El 3-3 se sostuvo hasta la conclusión del partido y de la prórroga, y fueron los penaltis, de nuevo jueces postreros, los que decidieron que en la ciudad turca resonara con fuerza una canción que, dedicada por la afición del Liverpool a su conjunto, se había transformado en uno de los más emocionantes himnos de la historia del fútbol: “You’ll Never Walk Alone” (“Nunca caminarás solo”).
La publicación 2005-2006 se la adjudicó el Barcelona, cuyo primer triunfo se había producido en 1992. El conjunto azulgrana desplegó a lo largo de la totalidad del torneo un impresionante juego, que le aceptó eliminar a Chelsea, Benfica y AC Milan, y derrotar en la final al Arsenal (2-1). Carles Puyol, Rafael Márquez, Deco, Xavi Hernández, Andrés Iniesta, Ronaldinho y Samuel Eto’o fueron algunos de los futbolistas que, bajo la dirección técnica de de Frank Rijkaard (quien ya fuera campeón como jugador del AC Milan), convirtieron al Barcelona en bicampeón. Por su parte, el AC Milan sucedió a fanfarronear de heptacampeón en 2007, al subyugar en Atenas al Liverpool (2-1) en un encuentro que supuso, por consiguiente, la revancha de la final de dos años antes.
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