El gobierno afgano estuvo en especial atento a la independencia en 1947 de la India y Pakistán. La incorporación a Pakistán de las extensiones tribales de la Frontera del Noroeste, región adyacente poblada mayoritariamente por patanas, suscitó gran interés. Pakistán ignoró las manifestaciones afganas de conmemorar un plebiscito en las extensiones tribales sobre la autodeterminación y en represalia, en 1947 Afganistán dictaminó en contra de la admisión de Pakistán en las Naciones Unidas. Las relaciones entre los dos países se realizaron agitadas en los siguientes años. Se produjeron esporádicos choques fronterizos entre las fuerzas de Pakistán y las tribus patanas, en especial después de 1949, en el momento en que éstas, con la aprobación del gobierno afgano, desarrollaron un movimiento con el propósito de establecer un Estado independiente que se llamaría Pashtunistán o Patanistán.
Afganistán señaló su desagrado al acuerdo militar aéreo entre Estados Unidos y Pakistán sellado en 1954. Al año próximo, el primer ministro soviético Nikolái Alexándrovich Bulganin, en su visita a Afganistán, proclamó su amparo al Estado de Pashtunistán. Tras esto, la URSS y Afganistán emitieron una manifestación conjunta en favor de una coexistencia pacífica, el desarme universal y la integración de China en las Naciones Unidas. El gobierno soviético extendió su amparo técnico a Afganistán.
Las relaciones entre Pakistán y Afganistán perfeccionaron brevemente a lo largo del final de la década de 1950. En 1961, sin embargo, la enfrentamiento de Pashtunistán detonó y no se resarciron las relaciones absolutamente hasta 1967.
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