Malí fue el corazón de los sucesivos imperios de Ghana, Malí y Songay, habiendo centros de comercio, aprendizaje y cultura en ciudades como Yenné, Tombuctú y Gao. El reino de Ghana se creó a comienzos de la era cristiana y llegó a su apogeo entre los años 950 y 1050. El imperio de Malí fue desarrollado en el siglo XI, sin embargo su periodo de grandeza inició bajo Sundiata Keita, quien gobernó desde en torno a 1235 hasta 1255, y alcanzó su máximo apogeo a comienzos del siglo XIV bajo Mansa Musa, quien extendió el imperio hasta englobar desde la costa atlántica, al este de Gao.
El declive de Malí fue veloz, aunque los soberanos siguieron gobernando hasta 1645. Su lugar fue ocupado por el imperio Songay de Gao, cuyos soberanos más destacados fueron Sonni Alí, desde 1464 hasta 1492, y Askia Muhammad, desde 1493 hasta 1528. A lo largo de su máxima prolongación, Songay se desplegaba desde el océano Atlántico hasta Kano y comprendía la mayoría del actual Malí y algunas partes de Guinea-Conakry. El imperio fue derribado en 1591 por una invasión proveniente de Marruecos.
En los siglos XVII y XVIII se realizaron algunos pequeños Estados a lo largo de la cuenca del río Níger, destacando el reino de Segu, que sucumbió durante el conflicto bélico santa de mediados del siglo XIX, iniciada por el jefe musulmán Umar, cuyo imperio teocrático se extendía desde Tombuctú hasta la cabecera del Níger y el territorio de Senegal. En 1893, su hijo y sucesor, Ahmadu, fue derrotado por los franceses.
En 1904 el territorio de Malí sucedió a formar parte de la colonia francesa del Alto Senegal-Níger y en 1920 constituyó el Sudán Francés, como un territorio dependiente del África Occidental Francesa.
La actividad política fue prohibida por los franceses en Malí hasta tras la Segunda Guerra Mundial (1939-1945). Varios de los partidos que florecieron al final de la misma se unieron para formar la Unión Sudanesa del Reagrupamiento Democrático Africano. Cuando aparecieron las reformas de 1957, la Unión era el partido destacado.
En 1958 el Sudán Francés dictaminó su unión a la recién desarrollada Comunidad Francesa, y el 24 de noviembre de 1958 se coronó la República Sudanesa. El 17 de enero de 1959 se unió a Senegal para formar la Federación de Malí, que proclamó su independencia el 20 de junio de 1960, siendo presidente Modibo Keita. La Federación se rompió en septiembre, preservando el nombre de Malí el antiguo Sudán Francés y permaneciendo Keita como presidente de la nueva República de Malí que se coronó el 22 de septiembre de 1960. Ese mismo mes, la República se transformó en miembro de la Organización de las Naciones Unidas. Posteriormente a su independencia, Malí buscó una política de desarrollo económico siguiendo un programa de carácter socialista.
En noviembre de 1968 oficiales del Ejército depusieron al presidente Keita y establecieron un Comité Militar de Liberación Nacional presidido por el teniente Moussa Traoré, quien seguidamente asumió la jefatura del Estado y del gobierno. Pero, Traoré fue incapaz de impulsar la economía teniendo que hacer frente a la falta de capital y a una sequía que provocó una gran hambruna a mediados de la década de 1970. Una combate interna por el poder llevó en 1978 a un intento de revés de Estado, cuyo revés hizo que varios integrantes del Comité fueran juzgados y sentenciados mientras se extendían los desórdenes políticos y la contención. El presidente Traoré, como jefe del único partido permitido, Unión Democrática del Pueblo de Malí, fue reelegido en 1979 y 1985. El país sobrellevó una fuerte sequía mediada la década de 1980. Una guerra fronteriza con Burkina Faso concluyó con un alto el fuego a finales de 1985. Presionada por sus acreedores, Malí reestructuró su economía a finales de la década de 1980 para privatizar las compañías gubernamentales que no daban beneficios. Traoré fue depuesto en marzo de 1991 tras un revés de Estado protagonizado por un conjunto de oficiales del Ejército liderado por el general Amadou Toumani Touré. En enero de 1992 se aceptó una nueva Constitución que posibilitaba el pluralismo político, y en abril fue denominado presidente Alpha Oumar Konaré, jefe de la Alianza para la Democracia en Malí. Los levantamientos estudiantiles contra Konaré dañaron copiosos edificios gubernamentales en abril de 1993 en Bamako; ese mismo año hubo un intento de revés de Estado por parte de incondicionales de Traoré, sin embargo fracasó. En las elecciones presidenciales de mayo de 1997 pareció reelegido el presidente Konaré, y en las legislativas que tuvieron lugar en julio y agosto de ese mismo año, su partido, la Alianza por la Democracia en Malí (Adema), consiguió, al hacerse con 128 escaños, mayoría absoluta en la Asamblea Nacional. En enero de 1999, Traoré y su cónyuge, Marian, fueron condenados a muerte, imputados de haber cometido ‘crímenes financieros’ contra el Estado. Traoré ya había sido condenado a fallecimiento en 1992, por ‘crímenes de sangre’, sin embargo pudo preservar la vida gracias a un indulto concedido en 1997 por el presidente Konaré.
El 28 de abril de 2002 se desarrolló la primera vuelta de unas nuevas elecciones presidenciales. El candidato más votado fue Amadou Toumani Touré, quien concurría como independiente (aunque apoyado por copiosos partidos políticos y organizaciones) y que recabó el 28% de los sufragios emitidos, seguido por Soumaïla Cissé (22.7%) e Ibrahim Boubacar Keita (20.7%), respectivos candidatos de Adema y de la Agrupación por Malí. El 12 de mayo, en la segunda vuelta, Touré fue respaldado por el 65% de los votos y pareció, por consiguiente, denominado presidente. Tomó posesión el próximo 8 de junio y, un día después, designó primer ministro a Ahmed Muhammad Ag Hamani. Tras abandonar éste, en abril de 2004, Ousmane Issoufi Maïga le ocurrió al frente del gobierno. En septiembre de 2007, dos meses tras haberse conmemorado elecciones legislativas, Modibo Sidibé accedió al puesto de primer ministro y formó un nuevo gabinete.
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