La cuestión del rendimiento es sólo un punto a pensar cuando se necesita decidir sobre el uso de un lenguaje de programación u otro. En las pruebas personales, la diferencia es relativamente limitada, siendo mejor Java. Ahora, si se desea decidir entre ambos lenguajes, es necesario saber cuál tendrá mayor compatibilidad, estabilidad, confiabilidad y seguridad. Además, cuál podrá tener mayor facilidad en mantenimiento, actualización, gestión y ampliación. Tomando en cuenta todos los aspectos citados, lo mejor es realizar para desarrollo desktop partiendo de C#.
Para analizar el desempeño de una plataforma tenemos que tener una perspectiva, cada plataforma tiene su desempeño optimizado en función de su aplicación.
.NET para aplicaciones comerciales pesadas como tiendas electrónicas es más adoptado por las empresas y su seguridad es mayor, especialmente desde Windows 8 y su involucramiento en aplicativos. Java tiene un óptimo desempeño para aplicaciones móvil como Android, y también para complementos en sitios, como el complemento de seguridad para bancos. Al definir cuál es el escenario de la aplicación podremos discernir mejor las ventas y desventajas de cada una de las plataformas.
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