Hay bacterias que son beneficiosas para el medio ambiente. Ellas son capaces de fijar nitrógeno en el suelo proveyendo compuestos nitrogenados a varias plantas.
Las bacterias son seres importantes en el reciclaje de nutrientes. Las bacterias pueden actuar de dos formas en relación a los nutrientes: las heterotróficas pueden consumir la materia orgánica y liberar los nutrientes para el suelo donde serán utilizados por plantas (nitrógeno, carbono), o las autotróficas que utilizan compuestos inorgánicos para obtener energía, liberando también compuestos que serán utilizados por otros seres. En el ciclo de N, ellas ayudan en la fijación en simbiosis con las plantas. En el ciclo del C ellas ayudan a retirar el CO2 del aire y liberan H2S en el aire, en el ciclo de S.
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