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Orígenes de la agricultura, inicios del cultivo de plantas y de la domesticación de animales, nos trasladan a la prehistoria. La naturaleza de la agricultura, que va unida a la domesticación de animales se asocia, por norma general, al periodo neolítico y en términos generales, denota un distanciamiento de la vida nómada del cazador-recolector. Está asociado con la vida sedentaria, el avance de asentamientos estables y la aparición de los primeros recipientes de barro para cocinar y almacenar los alimentos. El origen de la agricultura se encuadra dentro de la revolución neolítica, que sucedía hace unos 10.000 años en el Oriente Próximo, hace unos 8.000 años en China y es posible que hace unos miles de años en el Nuevo Mundo.

El desarrollo de la agricultura ha sido considerado siempre como una revolución, una nueva estilo de vida hecha posible gracias a la implantación del cultivo y a la cría de ganado por parte de unos hábiles cazadores-recolectores. En décadas recientes, sin embargo, se ha generado evidente que la caza, la pesca y la recolección representan, habitualmente, un estilo de vida mucho más sencillo y descansado que la agricultura, que precisa un considerable trabajo para organizar el suelo, sembrarlo, eliminar las malas hierbas y juntar las cosechas. De este modo pues, la agricultura no era un estilo de vida mejor, sino que es posible que fuera adoptado por una necesidad. Hoy en día se da por supuesto que este tránsito se vio influido por circunstancias bastante específicas como un incremento de la población debido a la mejora en las circunstancias medioambientales al concluir los periodos glaciales, o a una reducción de las probabilidades de caza y recolección.

Pero, la naturaleza de la agricultura, aunque se trató de una evolución gradual más que de una revolución inminente, vista desde la perspectiva de la inmensa escala temporal de la prehistoria, constituyó un cambio de estilo de vida asumido con relativa rapidez. Mismo así, resulta significativo que las plantas y animales escogidos para su domesticación no representaban recursos básicos en el momento en que apareció la agricultura; por el contrario, parece que los pueblos aparecieron a ser dependientes de ellos monetariamente muchos siglos, y en algunos casos milenios, tras las fases iniciales de la domesticación. De este modo pues, es necesario considerar las múltiples fases de semi-domesticación, esto es, la suma de recursos acumulados por el ser humano entre la totalidad de los recursos naturales. La agricultura reemplazó a la recoleccón de manera muy gradual, si bien en numerosas partes del mundo la caza, la pesca y la recolección persistieron mucho tiempo tras la introducción o integración de los recursos domesticados. En consecuencia, no es posible indicar un momento o lugar en el que se produjera la domesticación de cualquier especie. En este sentido, el naturaleza de la agricultura no puede establecerse con precisión.

Es evidente que los cazadores-recolectores no ignoraban los fundamentos de la agricultura y de la ganadería. Debían conocer, por ejemplo, que las semillas plantadas en específicas fechas del año producían cosechas que podían ser reunidas y, de facto, es probable que recurrieran a hacerlo en ocasiones. Sin duda tomarían medidas para resguardar sus recursos animales, no sacrificando animales muy jóvenes ni hembras preñadas, por ejemplo. Pero, al ser nómadas, los pueblos cazadores-recolectores, no se encontraban sujetos a una vida sedentaria asociados al cuidado continuo de sus cosechas.

Para considerar cómo, cuándo y dónde apareció la agricultura en un sentido real, resulta crucial conocer el tipo de la especie en cuestión: esto es, si los restos de plantas y animales que recomiendan domesticación dentro del registro arqueológico son en realidad restos de plantas o animales domesticados. Por lo que se refiere a las plantas, la distinción entre las formas silvestres y las domesticadas no está siempre clara e, incluso en el momento en que existe alguna discrepancia aparente, se desconoce el tiempo que representa esa divergencia. Pero, los cereales cultivados son sencillos de discernir de sus parientes silvestres; entre las rastros a continuar estaría la pérdida del raquis frágil (pedúnculo) que promovía la dispersión de la semilla por agentes naturales; este cambio morfológico es el resultado del avance de diversidades que conservan sus semillas hasta el momento de la cosecha. Las mediciones más recientes de las tasas de domesticación en trigos y cebadas silvestres en circunstancias antiguas de cultivo recomiendan que la transformación a la domesticación podría haber transcurrido en una fase de tiempo comprendido entre 20 y 200 años.

Por lo que se refiere a los animales, uno de los criterios de domesticación es la cría selectiva, naturaleza de las distinciones entre las características físicas de las especies domesticadas y las salvajes. Esta distinción suele medirse conforme los cambios que se detectan en los huesos y en la dentición, por ejemplo, en la reducción del tamaño de la mandíbula. Pero los especialistas no concuerdan en cuáles son los cambios que indican domesticación, en tanto que la relevancia de la polaridad salvaje/domesticado enmascara todo un espectro de relaciones entre el ser humano y los animales que van desde la doma, el control y el rastreo de rebaños, hasta el cuidado de éstos sin cría selectiva. Lo que es más, al igual que con las plantas, no es posible conocer cuánto tiempo pudo pasar hasta que tales cambios se hicieron aparentes una vez instaurada la domesticación.

Los herbívoros silvestres son muy sencillos de manejar, y los cazadores-recolectores, familiarizados con los hábitos de todos los animales, no habrían tenido conflictos para manejarlos e incluso para meterlos en corrales. Existen algunas rastros sobre ciertos tipos de control sobre los animales en la era glacial, como algunas representaciones de lo que parecen ser bridas sencillas para caballo en Francia, de unos 14.000 años de antigüedad; es seguro que el perro fue domesticado en Eurasia en ese mismo periodo, presumiblemente como animal de compañía y protección, e igualmente como ayuda para la caza.