Siguiendo las ideas de la Academia platónica, Zenón de Citio propone una filosofía tripartita: lógica (incluyendo retórica, gramática y las teorías de la percepción y el pensamiento), física (no solo desde el punto de vista de la ciencia sino también la naturaleza divina del universo) y ética. La lógica proporciona un criterio de verdad. La física es un materialismo monista y panteístico. La ética regula las acciones humanas, cuyo objetivo es la conquista de la felicidad que debe ser perseguida según la naturaleza.
La doctrina filosófica de Zenón de Citio afirma que el ser humano logra la plenitud y felicidad cuando abandona todas las pasiones terrenales, contratiempos, molestias y desasosiegos. Para Zenón, la única manera de vivir sin estos reveses es vivir en ataraxia o apatía, es decir, abandonado a su suerte, impasiblemente, nada temiendo y nada esperando.
Aunque toma varios conceptos básicos de la filosofía de Epicuro de Samos, Zenón y el estoicismo en general difieren del epicureísmo por entender que la virtud, y no el placer, constituye el bien supremo. Además, consideran que el principio clave del universo es la ley racional de la naturaleza y no el movimiento aleatorio de los átomos.
Debido a que las ideas de Zeno fueron trabajadas posteriormente por Crisipo de Solos y otros estoicos, puede ser difícil determinar, en algunas temáticas, su pensamiento, pero su visión general puede resumirse a continuación.
Física
El universo, en la visión de Zenón, es Dios: una entidad divina racional, donde todas las partes pertenecen al todo. Este sistema panteísta incorpora la física de Heráclito; el universo contiene fuego artesano divino [πύρ τεχνικόν] , que rige todas las cosas y que, estando inmerso en todo el universo, debe producir todas ellas.
Este fuego o éter divino es la base de toda la actividad en el universo, operando en materia anteriormente pasiva, ella propia ni aumentando ni disminuyendo. La sustancia primaria en el universo viene del fuego, pasa por el estado del aire, y después se convierte en agua; la parte más concentrada se hace tierra y la meno concentrada vuelve nuevamente a ser aire, volviendo otra vez al fuego. Las almas individuales forman parte del mismo fuego, como la alma-mundo del universo. Según Heráclito, Zenón adoptó la visión de que el universo pasó pro ciclos regulares de formación y destrucción.
La naturaleza del universo es tal que logra lo que es correcto y previene lo que es opuesto, y es identificado como destino incondicional, al mismo tiempo permitiendo el libre albedrío que le es atribuido.
Ética
Como los cínicos, Zenón reconoció un bien único y simple, que sería el único motivo a ser alcanzado. La felicidad es el flujo de la buena vida, dice Zenón, y esta solamente puede ser alcanzada a través del uso de la razón correcta coincidente con la razón universal (logos), que todo gobierna. Un mal sentimiento (pathos) es un disturbio de la mente repugnante a la razón y contra la naturaleza. Esta esencia a partir de la cual las acciones moralmente buenas emergen es la virtud. El verdadero bien puede apenas consistir en virtud.
