A pesar de que el 45,4% (2005) de Paraguay son bosques, hay una gran presión por limpiar el terreno para uso agrícola, lo que ha conducido a la destrucción de grandes zonas de bosque virgen. Los bosques igualmente suministran al país leña y madera para la exportación, y son fuente de tanino. En el periodo 1990–2005 se destruyó anualmente el 0,85% de los bosques del país. Si sigue la deforestación a este ritmo, en el año 2010 quedará muy poco de los bosques paraguayos.
Para enfrentar la deforestación, el gobierno fijó el Servicio Forestal Nacional (SFN) en 1973 con el propósito de resguardar y ampliar los bosques; en 1991, prohibió la exportación de cuatro especies en peligro de extinción y compró 150.000 hectáreas de bosque para su conservación. Paraguay resguarda el 5,8% (2007) de su territorio bajo la forma de parques y otras reservas naturales, frente a un 6,2% en Argentina, 18,5% en Brasil y 21,2% en Bolivia. Hay más de treinta parques nacionales y reservas ecológicas, como el Bosque Mbaracayú, manifestado Reserva de la Biosfera, el Complejo Ecorregional ‘Bosque Atlántico” (compartido con Brasil y Argentina), la Reserva de recursos manejados Tinfunqué, y los parques nacionales Defensores del Chaco y Río Negro.
Los desechos industriales y las aguas residuales han contaminado el agua en algunas zonas de Paraguay. El 86% (2004) de la población tiene acceso a agua potable. La indigente calidad del agua y los cuidados inapropiados proponen un importante apuro sanitario a los habitantes de algunas zonas del país.
Paraguay forma parte de tratados internacionales relativos a biodiversidad, cambio climático, especies en peligro de extinción, desechos amenazadores y humedales (Convención de Ramsar).
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