Darwin consideró de forma acertada la adaptación como el conflicto central que tenía que solucionar cualquier teoría de la evolución. Y su teoría de la selección natural lo conseguía con aumentas. Para ésta, la adaptación se genera a través de la selección natural, gradualmente, de forma acumulativa, ajustadas por fuerzas selectivas en ambientes que han cambiado durante millones de años.
3.1 Genes y fenotipos
La selección natural actúa sobre los genes y las características a las que dan lugar. Los genes están indefensos frente a la selección natural. Representan colas, pieles, músculos, conchas; la aptitud de correr con rapidez, de camuflarse, de cautivar a la hembra, de cimentar un buen nido. Estas características se denominan fenotipos o el efecto fenotípico de los genes. Las distinciones en relación a los genes dan lugar a distinciones en los efectos fenotípicos. La selección natural actúa sobre los genes a través de los fenotipos: los genes se perpetúan en la medida en que dan lugar a fenotipos que presentan ventajas selectivas sobre otros fenotipos competidores. Estos genes se mantendrán en las concepciones repetidas en proporción al valor selectivo de sus efectos fenotípicos, esto es, conforme la virtud de las características (o adaptaciones) que suministran.
De modo que se pueden considerar las adaptaciones como fenotipos que favorecen la replicación de los genes que dan lugar a éstas, esto es, como mecanismos que resuelven conflictos específicos, razón por la que aumenta la replicación de los genes culpables de esos mecanismos.
3.2 Fenotipos ampliados
Los efectos fenotípicos de los genes no se limitan al cuerpo, cerebro o pensamiento de los organismos que albergan el gen. Estos pueden extenderse más allá del organismo. Pensemos en el conducta paralizado de un pájaro que anida o de una araña que teje su tela, de los genes en los cucos controlando a sus padres embaucados; en los de anfípodos (criaturas del tipo de los camarones), que se transforman muy llamativos para los depredadores y conforman el próximo paso en el ciclo importante de sus parásitos, conducta fatal para ellos sin embargo muy buena para el parásito.
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