Al igual que en las flores, en el envés de la hoja del algodonero hay una diminuta estructura en forma de copa que aglomera néctar. Estos depósitos y el tallo suculento atraen a diversos insectos parásitos. Uno de los más significativos es el gorgojo del algodón. El uso de diversidades de maduración prematura y la aplicación de diversos compuestos químicos y métodos de control han reducido de forma tajante las pérdidas causadas por este parásito. El gusano del algodón, larva de color rosa de una polilla, infesta ya las plantaciones de algodón en la totalidad del mundo, aunque se juzga nativa de la India. La larva abre túneles en la bola y devora las semillas; la cuarentena, la fumigación de las semillas y la destrucción de los restos separados del algodón a lo largo del desmotado son las medidas de control primordiales. El gusano tabaco de las yemas es otro parásito muy dañino, tanto por las pérdidas que causa como por los costes que supone enfrentarlo. Igualmente atacan al algodonero cochinillas, carcoma de la madera y arañas rojas.
En cuanto a las afecciones a que está expuesto el algodonero, cabe citar el marchitamiento provocado por un hongo que penetra en las raíces desde el suelo y sintetiza un compuesto tóxico. No es conocido ningún tratamiento, sin embargo se han conseguido diversidades resistentes. Otra afección fúngica (micosis) es la podredumbre o antracnosis de la bola, causada por hongos del orden melanconiales; la mejor forma de enfrentarla es utilizar semillas provenientes de campos libres del hongo.
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