Los aborígenes de Paraguay eran indígenas pertenecientes a varias tribus que compartían una cultura y una lengua común, la guaraní. Su población era muy numerosa en el momento en que el navegante portugués Aleixo Garcia, que se integra a la peregrinación de Juan Díaz de Solís, al rastrear un paso hacia los Andes demostró el país y lo cruzó con un conjunto de indígenas. A su retorno exploró la región de la actual Asunción, lugar donde los indígenas paiaguás lo asesinaron, en torno a 1525. Algunos años después, el navegante italiano Sebastiano Caboto, así pues al servicio de España, exploró parcialmente los ríos del país y demostró los cursos del Paraguay.
1. Asentamientos españoles
En 1537 el conquistador español Domingo Martínez de Irala ordenó la fundación de un fuerte en el río Paraguay, al que designó Casa Fuerte de Nuestra Señora de Santa María de la Asunción. En 1541 Asunción fue elevada a la categoría de ciudad. El Paraguay colonial y el territorio de la actual Argentina fueron gobernados conjuntamente hasta 1617, en el momento en que se transformaron en dependencias diferentes del virreinato del Perú.
A finales del siglo XVI los jesuitas comenzaron a estructurar las iniciales misiones jesuíticas —llamadas reducciones—, concentraciones de indígenas para abastecer la evangelización, donde se desarrollaba una vida comunitaria muy parecida a la que llevaban en sus correspondientes comunidades indígenas. Gozando de una casi completa autonomía en relación a las autoridades ciudadanos y religiosas locales, los jesuitas se convirtieron, a través de las misiones, en el poder más sólido de la etapa colonial. Pero, la competencia de las reducciones en la venta de los artículos agrícolas disgustó a los colonos y los predispuso a favor del movimiento de los comuneros, quienes hicieron frente a las fuerzas reales, protagonizando una de las iniciales pugnas por la independencia del Paraguay. En 1750 el monarca Fernando VI de España, a través del Tratado de Madrid, cedió el territorio paraguayo a Portugal, causando que los jesuitas incitaran una rebelión guaraní en contra de la transferencia. En 1767, por orden de Carlos III, fueron desterrados todos los jesuitas de la América española; poco tiempo después, las reducciones, que pasaron a ser dirigidas por conjuntos seculares, se desintegraron.
En 1776 España creó el virreinato del Río de la Plata, formado por los actuales territorios de Argentina, Paraguay, Uruguay y Bolivia. Paraguay se transformó en una dependencia fronteriza poco importante para Buenos Aires, la capital del virreinato, y fue decreciendo gradualmente hasta considerarse parcialmente insignificante a comienzos del siglo XIX.
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