Entre mayo de 1988 y febrero de 1989 la URSS retiró todas las tropas, sin embargo el conflicto bélico civil continuó. Afganistán dejó de ser un escenario más de la Guerra fría y se transformó en una pieza básica en el tablero de las potencias regionales (Pakistán, India, Irán, Rusia, Uzbekistán) por hacerse con el control de un territorio estratégicamente ubicado. Najibullah fue depuesto en abril de 1992 y los rebeldes tomaron Kabul. Las facciones contrincantes negociaron entonces un consejo interino para administrar Afganistán, con Burhanuddin Rabbani como presidente provisional. En diciembre de 1992, una asamblea especial confirmó, a través de votación, al presidente Rabbani por una etapa de dos años, sin embargo perduró el combate entre las fuerzas político-militares contendientes.
Tales fuerzas tenían un fuerte constituyente étnico-religioso: los tayikos, representados por el Jamiat-i-Islami, partido islamista moderado dirigido por Rabbani y Massud; los hazara, musulmanes chiitas, agrupados en torno al Hizb-i- Wahdat, liderado por Alí Mazarí y con el amparo de Irán; los uzbekos, respaldados por Uzbekistán y encabezados por el Frente Nacional, del general Abdul Rashid Dostum; y, aunque en último lugar, el contingente étnico más significativo, los pashtunes, agrupados (hasta el surgimiento de los talibanes en 1994) en el Hizb-i-Islami, conjunto islamista revolucionario chiita apoyado por Pakistán y dirigido por Gulbuddin Hekmatyar.
El 17 de junio de 1993, Hekmatyar prometió el puesto de primer ministro. El 27 de septiembre de 1993, los jefees de las facciones de la guerrilla negociaron una constitución interina, preludio a las elecciones de 1994. Pero, el 1 de enero de ese año los combates florecieron en Kabul entre tropas leales al presidente Rabbani y las seguidoras del primer ministro Hekmatyar, apoyado por el antiguo general comunista Dostum. A finales de junio de 1994 el combate se difundió a otras partes de Afganistán y habían muerto más de 2.500 personas.
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