El aislamiento talibán se agravó después de los atentados extremistas experimentados por Estados Unidos el 11 de septiembre de 2001 (el derrumbamiento de las torres gemelas del World Trade Center de Nueva York y de parte del Pentágono provocaron miles de fallecimientos). El presidente americano George W. Bush forjó una holgada coalición internacional contra el terrorismo y dispuso una ofensiva militar, la Operación Libertad Duradera, cuyo primer propósito era la entrega por parte de Afganistán de Bin Laden, a quien se culpaba de ser el culpable de los atentados. De forma simultánea, la disconformidad interna afgana se vertebraba en dos ejes. Por un lado, la Alianza del Norte (el conjunto de milicias y guerrillas antes en pugna, que combatía de forma unificada desde 1996 a los talibanes), rebautizada Frente Unido y liderada por Muhammad Fahim Khan (tras el homicidio de Massud), representaba el brazo militar del gobierno afgano en el exilio, presidido por Rabbani y admitido como legítimo por la comunidad internacional. Por otro, el ex monarca Muhammad Zahir Shah, quien desde su exilio en Italia parecía una de las opciones más factibles para representar la transformación política siguiente a una hipotética caída del gobierno rigorista.
Dada la resistencia talibán a proporcionar a Bin Laden, fuerzas americanas y británicas comenzaron el 7 de octubre de 2001 el bombardeo de propósitos estratégicos afganos. A lo largo del próximo mes de noviembre, la Alianza del Norte, por fin respaldada por la coalición internacional, aceleró su ofensiva terrestre, ocupó de forma sucesiva las primordiales ciudades del país (Mazar-i-Sharif, Pulaj-i-Jamri, Tāloqān, Qala-i-Nau, Bāmiān, Kondoz, Herāt, Jalensalzad y Kabul), y pasó a dominar dos terceras partes del territorio de Afganistán. De este modo, los talibanes preservaron solamente el control de algunas provincias del sur y centraron todos sus esfuerzos en aguantar desde su destacado baluarte, Kandahār. Paralelamente al avance de la Alianza, a los bombardeos aéreos seguidores y al paulatino repliegue talibán, fuerzas americanas comenzaron en el espacio meridional del país las operaciones de búsqueda sobre el terreno de Bin Laden. En el marco de esta nueva etapa de la Operación Libertad Duradera, la infantería de Marina de Estados Unidos se hizo presente en las cercanías de Kandahār. Esta ciudad se rindió definitivamente el 6 de diciembre, sin embargo puesto que el mulah Mohammed Omar y Bin Laden seguían en paradero ignorado, las operaciones bélicas prosiguieron, trasladándose al que se presumía era su lugar de refugio, la montañosa región de Tora Bora donde aún combatían copiosos integrantes de Al-Qaeda. La resistencia de Tora Bora concluyó el 16 de diciembre, sin embargo Omar y Bin Laden siguieron sin rastros.
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