Paradójicamente, la exploración y la conquista sistemática del interior de América Latina fue iniciada por los alemanes. En 1529, Bartolomé Welser recibió del emperador Carlos V de España un inmenso territorio en pago de los empréstitos que le había concedido. Welser mandó inminentemente una peregrinación a aquel territorio, que comprendía lo que es la actual Venezuela. Pero diecisiete años después la concesión a Welser fue revocada, en gran medida por la extrema inhumanidad que emplearon los colonizadores alemanes con las poblaciones aborígenes.
El primer europeo que penetró memorablemente hacia el interior del subcontinente fue el conquistador español Francisco Pizarro. En 1531, descendiendo hacia el sur desde Panamá, conquistó el rico Imperio de los incas. En el intervalo de cinco años, a través del uso de las armas y la traición, Pizarro llegó a hacerse con el control de aquél, que comprendía los territorios de los actuales Perú, Chile, Bolivia, Ecuador, sur de Colombia y norte de Argentina. Diego de Almagro, uno de los hombres de Pizarro, conquistó Chile. En 1534, Sebastián de Belalcázar, lugarteniente de Pizarro, tomó posesión del reino de Quito. La conquista y colonización de la región que bordea el Río de la Plata fue iniciada por Pedro de Mendoza en 1535. Fundó un asentamiento con el nombre de Santa María del Buen Aire en 1536. Entre 1536 y 1538, Gonzalo Jiménez de Quesada dominó a los chibchas y creó Santafé de Bogotá, capital de la actual Colombia. En 1539, Gonzalo Pizarro, hermano de Francisco, fue en busca de la ruta de la canela, atravesó los Andes y llegó a la cabecera del río Amazonas. Uno de sus colegas, Francisco de Orellana, navegó en 1541 río abajo hasta su desembocadura en el océano Atlántico. El año anterior, por orden de Francisco Pizarro, Pedro de Valdivia había continuado la conquista de Chile, tratando de subyugar la resistencia de los indios araucanos (los pobladores del sur de Chile). Valdivia creó Santiago en 1541. Alrededor de 1530, los portugueses habían empezado a establecer poblaciones en la costa oriental de América Latina. Ocuparon provisionalmente la totalidad del territorio que sería el Brasil de hoy.
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