En las elecciones conmemoradas el 10 de mayo de 1998, el candidato del Partido Colorado, Raúl Cubas, venció a su opositor Domingo Laíno, candidato de Alianza Democrática. Un dato a destacar de estos comicios fue la alta cooperación de la población paraguaya en las votaciones, casi un 85%, un porcentaje récord en América Latina.
Como prometiera en la campaña electoral, el recién denominado presidente liberó en agosto de ese mismo año al general Lino César Oviedo, encarcelado desde mayo por su intentona golpista, medida que fue tachada de inconstitucional por el Congreso. Lo que continuó durante los posteriores siete meses fue un verdadero enfrentamiento entre los poderes del Estado: de una parte, el presidente de la República, respaldado por el Ejército y una parte del Partido Colorado; de otra, la disconformidad parlamentaria, incluido un sector colorado crítico con Cubas, y el poder judicial, incómodo con la orden de liberar al militar golpista. Ambos sectores se culparon de estar detrás de conjuras y conspiraciones con las que silenciar al bando contrario y un régimen afín a sus postulados.
En febrero de 1999, el Congreso paraguayo (integrado por la Cámara de Diputados y Senado) inició el proceso para destituir a Cubas, medida a la que el presidente contestó con la sustitución de los mandos militares descariños a sus directrices.
A principios de marzo, la ascendente disidencia dentro del Partido Colorado llevó a que Cubas accediera a asentir un “revés interno” con el propósito de que Oviedo se hiciera puesto de la presidencia de la Asociación Nacional Republicana.
El día 23 de ese mes fue asesinado Luis María Argaña, vicepresidente del país opuesto a la línea oficial impuesta en el partido gubernamental por Cubas y Oviedo. La disconformidad responsabilizó a los dos de estar detrás del crimen. El fallecimiento de Argaña ponía fin al duro enfrentamiento que propugnaba con el presidente Cubas, al mismo tiempo que agravaba la larga dificultad política que vivía Paraguay. El jefe asesinado se había transformado en el destacado impulsor de un proceso político contra el presidente, con el propósito de forzar su destitución por violar de forma sistemática la Constitución.
Los capítulos se sucedieron de manera trepidante los últimos días de marzo: el Congreso paraguayo culpó al presidente del homicidio del vicepresidente, mientras en la calle se sucedían violentos enfrentamientos entre defensores y contrincantes de Cubas; entre tanto, los sindicatos citaron una huelga general.
El Senado de Paraguay inició el proceso para la destitución del presidente, imputado del homicidio de Argaña, al mismo tiempo que se producía la aparición de tropas del Ejército sobre la capital.
El presidente Cubas se decantó por dejar, ante la presencia de partícipes que exigían su dimisión, el Palacio de Gobierno. El día 26, francotiradores invertidos en el edificio dispararon sobre la montón causando 10 muertos y un gran número de lastimados.
La masacre desencadenó dimisiones en cadena, incluida la del presidente Cubas, que sucedía el día 28, tras las presiones ejercidas por Brasil, Estados Unidos y el Vaticano. Tanto el ya ex presidente como el ex general golpista optaron por escapar del país, el primero a Brasil (previo refugio en la embajada de ese país en Asunción) y el segundo a Argentina. Luis González Macchi, presidente del Congreso y a favor del vicepresidente Luis María Argaña, se transformó en el nuevo presidente de la República el 29 de marzo de ese año. Su gobierno de unidad nacional, que tomó posesión al día próximo, se encontraba formado tanto por incondicionales de Stroessner como por integrantes de la disconformidad, la cual entraba por vez primera en un gabinete paraguayo tras 51 años de poder ininterrumpido y exclusivo del Partido Colorado. En febrero de 2000, los ministros pertenecientes al Partido Liberal Radical Auténtico dejaron el gobierno. Una nueva y fallida intentona golpista llevada a cabo por incondicionales de Oviedo forzó el 19 de mayo de ese año a González Macchi a declarar el estado de excepción, medida que levantó doce días después. En julio de 2002, nuevas expresiones y quejas contra el gobierno protagonizadas por defensores de Oviedo motivaron que el presidente, ante el surgimiento de violentos capítulos, decretara de nuevo el estado de excepción, esta vez en vigor durante tres días.
En diciembre de 2002, la Cámara de Diputados aceptó el desafuero de González Macchi, imputado de diferentes puestos. Pero tal moción no prosperó en la cámara alta, lo que le aceptó conservarse al frente del Estado hasta el 15 de agosto de 2003, fecha en que tomó posesión el presidente electo en los comicios del 27 de abril de este último año. En éstos, la conquista fue para el aspirante colorado, Nicanor Duarte, quien consiguió el 37,1% de los votos, venciendo, entre otros, a Julio César Franco (candidato del Partido Liberal Radical Auténtico, 24%) y Pedro Fadul (Movimiento Patria Querida, 21,3%). Ese mismo día se conmemoraron elecciones legislativas, en las que igualmente se impuso el Partido Colorado (que consiguió 37 diputados y 16 senadores); le siguieron el Partido Liberal Radical Auténtico (21 y 12), el Movimiento Patria Querida (10 y 8), la Unión Nacional de Ciudadanos Éticos (10 y 7) y el Partido País Solidario (2 escaños en cada cámara).
El nuevo presidente se volcó básicamente en el combate contra la corrupción y en la negativa a emplear las medidas neoliberales a la hora de hacer frente la grave dificultad financiera por la que pasaba el país. En agosto de 2004, sucedía en Asunción un incendio en un centro comercial que desencadenó unos 400 muertos. Duarte reconoció que una causa básica del suceso fue la corrupción galopante que se extendía por Paraguay. Lo cierto es que, en febrero de 2005, el propio Duarte, al considerar probados una serie de casos de corrupción policial, forzó la dimisión de su ministro del Interior, Nelson Mora (a quien sustituyó por Rogelio Benítez); tras el homicidio de la hija del ex presidente de la República Raúl Cubas, destituyó a más de 50 puestos policiales.
Las elecciones presidenciales del 20 de abril de 2008 supusieron el fin de la supremacía del Partido Colorado, cuya candidata, Blanca Ovelar, fue derrotada por el ex obispo Fernando Lugo, aspirante por la Alianza Patriótica para el Cambio.
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